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1.

Repair of DNA Double-Strand Breaks by the Nonhomologous End Joining Pathway.

Stinson, Benjamin M; Loparo, Joseph J.

Annu Rev Biochem; 90: 137-164, 2021 06 20.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-33556282

2.

A Mechanism to Minimize Errors during Non-homologous End Joining.

Stinson, Benjamin M; Moreno, Andrew T; Walter, Johannes C; Loparo, Joseph J.

Mol Cell; 77(5): 1080-1091.e8, 2020 03 05.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-31862156

3.

The Gene-Silencing Protein MORC-1 Topologically Entraps DNA and Forms Multimeric Assemblies to Cause DNA Compaction.

Kim, HyeongJun; Yen, Linda; Wongpalee, Somsakul P; Kirshner, Jessica A; Mehta, Nicita; Xue, Yan; Johnston, Jonathan B; Burlingame, Alma L; Kim, John K; Loparo, Joseph J; Jacobsen, Steve E.

Mol Cell; 75(4): 700-710.e6, 2019 08 22.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-31442422

4.

Replication stalling activates SSB for recruitment of DNA damage tolerance factors.

Thrall, Elizabeth S; Piatt, Sadie C; Chang, Seungwoo; Loparo, Joseph J.

Proc Natl Acad Sci U S A; 119(41): e2208875119, 2022 10 11.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-36191223

5.

Two-Stage Synapsis of DNA Ends during Non-homologous End Joining.

Graham, Thomas G W; Walter, Johannes C; Loparo, Joseph J.

Mol Cell; 61(6): 850-8, 2016 Mar 17.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-26990988

6.

Protein translocation by the SecA ATPase occurs by a power-stroke mechanism.

Catipovic, Marco A; Bauer, Benedikt W; Loparo, Joseph J; Rapoport, Tom A.

EMBO J; 38(9)2019 05 02.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-30877095

7.

A gatekeeping function of the replicative polymerase controls pathway choice in the resolution of lesion-stalled replisomes.

Chang, Seungwoo; Naiman, Karel; Thrall, Elizabeth S; Kath, James E; Jergic, Slobodan; Dixon, Nicholas E; Fuchs, Robert P; Loparo, Joseph J.

Proc Natl Acad Sci U S A; 116(51): 25591-25601, 2019 12 17.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-31796591

8.

ParB spreading requires DNA bridging.

Graham, Thomas G W; Wang, Xindan; Song, Dan; Etson, Candice M; van Oijen, Antoine M; Rudner, David Z; Loparo, Joseph J.

Genes Dev; 28(11): 1228-38, 2014 Jun 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-24829297

9.

Catalytically inactive T7 DNA polymerase imposes a lethal replication roadblock.

Hernandez, Alfredo J; Lee, Seung-Joo; Chang, Seungwoo; Lee, Jaehun A; Loparo, Joseph J; Richardson, Charles C.

J Biol Chem; 295(28): 9542-9550, 2020 07 10.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-32430399

10.

The Role of Noncognate Sites in the 1D Search Mechanism of EcoRI.

Piatt, Sadie C; Loparo, Joseph J; Price, Allen C.

Biophys J; 116(12): 2367-2377, 2019 06 18.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-31113551

11.

A Flow-Extension Tethered Particle Motion Assay for Single-Molecule Proteolysis.

Drabek, Andrew A; Loparo, Joseph J; Blacklow, Stephen C.

Biochemistry; 58(20): 2509-2518, 2019 05 21.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-30946563

12.

A network of cis and trans interactions is required for ParB spreading.

Song, Dan; Rodrigues, Kristen; Graham, Thomas G W; Loparo, Joseph J.

Nucleic Acids Res; 45(12): 7106-7117, 2017 Jul 07.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-28407103

13.

Building bridges within the bacterial chromosome.

Song, Dan; Loparo, Joseph J.

Trends Genet; 31(3): 164-73, 2015 Mar.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-25682183

14.

Mapping DNA polymerase errors by single-molecule sequencing.

Lee, David F; Lu, Jenny; Chang, Seungwoo; Loparo, Joseph J; Xie, Xiaoliang S.

Nucleic Acids Res; 44(13): e118, 2016 07 27.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-27185891

15.

Exchange between Escherichia coli polymerases II and III on a processivity clamp.

Kath, James E; Chang, Seungwoo; Scotland, Michelle K; Wilbertz, Johannes H; Jergic, Slobodan; Dixon, Nicholas E; Sutton, Mark D; Loparo, Joseph J.

Nucleic Acids Res; 44(4): 1681-90, 2016 Feb 29.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-26657641

16.

A Genetic Selection for dinB Mutants Reveals an Interaction between DNA Polymerase IV and the Replicative Polymerase That Is Required for Translesion Synthesis.

Scotland, Michelle K; Heltzel, Justin M H; Kath, James E; Choi, Jung-Suk; Berdis, Anthony J; Loparo, Joseph J; Sutton, Mark D.

PLoS Genet; 11(9): e1005507, 2015 Sep.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-26352807

17.

Condensation and localization of the partitioning protein ParB on the bacterial chromosome.

Broedersz, Chase P; Wang, Xindan; Meir, Yigal; Loparo, Joseph J; Rudner, David Z; Wingreen, Ned S.

Proc Natl Acad Sci U S A; 111(24): 8809-14, 2014 Jun 17.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-24927534

18.

Polymerase exchange on single DNA molecules reveals processivity clamp control of translesion synthesis.

Kath, James E; Jergic, Slobodan; Heltzel, Justin M H; Jacob, Deena T; Dixon, Nicholas E; Sutton, Mark D; Walker, Graham C; Loparo, Joseph J.

Proc Natl Acad Sci U S A; 111(21): 7647-52, 2014 May 27.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-24825884

19.

A single molecule assay for measuring site-specific DNA cleavage.

Gambino, Stefano; Mousley, Briana; Cathcart, Lindsay; Winship, Janelle; Loparo, Joseph J; Price, Allen C.

Anal Biochem; 495: 3-5, 2016 Feb 15.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-26655389

20.

DNA motion capture reveals the mechanical properties of DNA at the mesoscale.

Price, Allen C; Pilkiewicz, Kevin R; Graham, Thomas G W; Song, Dan; Eaves, Joel D; Loparo, Joseph J.

Biophys J; 108(10): 2532-2540, 2015 May 19.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-25992731

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